داستان بازی پانزده سال بعد از بازی قبلی و در نروژ شروع می شود. یک حزب ملی گرا کنترل روسیه را بدست گرفته و جنگ خود را با کشورهای همسایه برای تصاحب منابع نفتی شروع کرده است. با پیوستن بسیاری از کشورهای خاورمیانه به روسیه و همچنین درگیری و هرج و مرج در آفریقا باعث ایجاد جبهه های مختلف شده است. در این میان آمریکا برای جلوگیری از هزینه زیاد و درگیری مستقیم با احزاب ملی گرا تیم Ghost را بکار گرفته تا بتواند بی سر و صدا صلح را برقرار کند. گروهی که شما در اختیار دارید گروهی ۴ نفره، شامل یک کماندو، یک تک تیرانداز، یک متخصص اکتشاف و جاسوسی و یک مهندس تکنیکی است. گیم پلی سری Ghost Recon همیشه بر مبنای دستورات تاکتیکی بوده و یک شوتر محض و Run and Gun محسوب نمی شده است.