داستان و محل حضور در این بازی شهر معروف راکون می باشد و این نسخه این شهر را در جریان رخداد های رزیدنت اویل ۲ و رزیدنت اویل ۳: نمسیس به تصویر می کشد.
شهر راکون توسط ویروس تی که در حقیقت یک سلاح بیولوژیکی است و توسط شرکت آمبرلا ساخته شده است به هرج و مرج کشیده شده و رو به نابودی است. داستان بازی رزیدنت اویل: ماموریت شهر راکون ، بازیباز را به کنترل یکی از شخصیت های گروه U.S.S دعوت می کند ، که پیش از این چنین شخصیت هایی در هیچ یک از نسخه های اصلی وجود نداشته اند و البته در این سری قدرت تغییر دادن داستان نسخه های اصلی را در اختیار دارند!
بازیباز همچنین می تواند کنترل یکی از شخصیت های نیرو های ویژه ایالات متحده را نیز بر عهده بگیرد و با گروه U.S.S در پاک سازی اثار به جا مانده از شرکت آمبرلا و کشتن بازماندگانی از این فاجعه زیستی که بر ضد آمبرلا مدرکی در اختیار دارد می باشد.